为了参加下一场神奇宝贝富丽大赛，小智、小光和小刚一行人来到了阿拉莫斯镇。他们在镇上遇见了一个名叫爱丽斯的漂亮女孩。爱丽斯带着大家四处游览，并参观这里的标志性建筑——时空之塔和一座美丽庭园。在这座庭园里，小智发现了可疑的影子。噩梦神奇宝贝达克莱伊出现在大家面前，攻击小智使他陷入昏迷。接着，达克莱伊再度现形于广场，用绝招让…

守护森林的仙女爱丽丝在一次巡视森林的过程当中发现了一个塑料玩具小精灵，于是运用自己的魔力赋予其生命，将它变成自己守护森林的助手，并起名图尔克。在施魔法的过程当中有一些魔力洒在了另外一个塑料火星人小玩具身上，于是塑料火星人巴特尔和图尔克认识并成为朋友，一起守护森林，经历了许多有趣且发人深醒的事情。

100年产一次蛋的水之精灵下了蛋, 为了守护它, 新尧高皇国的第二皇子茶古穆背负起了\\\"精灵守护人\\\"的命运. 为了防范想要加害茶古穆的其父亲派来的追兵, 他母亲寻找了一位女保镖巴露萨来到了他的身边. 但是, 除此之外, 还有来自于平行世界中的被称为\\\"那尤克\\\"的东西的威胁,\\\" 那尤克\\\&qu…

数字精灵们正在屋里的沙发上玩，这时一个小朋友打来电话说有紧急状况求助。数字小精灵们就派代表到事发现场解决问题，其他的小精灵都在屋里做后援来远程协助。屋里有大屏幕，可以随时跟求助的小朋友和外出的数字精灵连结沟通。解决问题时，小精灵们总会用一种叫做“Brain Gain”的魔法。而每一次的问题，是否都能顺利解决呢？

小智和同伴们遇到了街头表演明星少女广美。广美是“水之民”的末裔，她能和水中的口袋怪兽交换。小智他们从广美那里听说，大海里有一座由水之民建造的“海之神殿”，里面藏着稀世珍宝“海之王冠”。这时，传说中的口袋怪兽援助员杰克突然出现，他肩负着将一枚名为苍海王子的蛋送往海之神殿的使命，小智和朋友们进入了杰克的队伍，帮助他完成使命…

持续旅行的小智皮卡丘一行，来到了流传着“波导传说”的城镇：欧鲁德朗城。在城市的中间，进行着对数百年前的“波导之勇者——亚郎”而进行的祭典。小智与皮卡丘决定参加今年勇者对战。激烈的战斗之后，获得了冠军的小智当选为当年“波导的勇者”。城中举办了庆祝优胜者的盛大宴会。突然幻之神奇宝贝“梦幻”出现。然而梦幻却带着皮卡丘消失了身…

黑锤团伙是一个拥有强大武器和战斗机器人的高科技盗窃团伙，发誓要偷走所有“世界上最美丽的工具”，他们盗走了科学家白博士的发明四处为非作恶，甚至把贪婪带到了维系着地球自然和谐的精灵天堂——菩提岛。黑锤团伙绑架了精灵并冒险使用危险的激光把精灵一个个变为残忍的怪物……菩提岛精灵的守护者蒙奇与白博士的女儿楠为了一个共同的目标——…

有一天小智和皮卡丘们来到了高科技城市拉鲁斯市。想在这里的对战塔和其他的精灵宝可梦进行战斗。小智巧遇一位少年而他就是小超。小超因为四年前的事，让他完全无法和精灵宝可梦相处。小智和皮卡丘在知道这样的情形后积极帮小智克服这问题。这时候突然出现了神秘精灵宝可梦代欧奇希斯。他的目的究竟是什么？以高科技城市为舞台，即将展开精灵宝可…