《变形金刚之雷霆舰队》迷你金刚，一种神奇的小型机器人。他们具有一种奇妙的能力，当变形金刚与迷你金刚合体以后，可以极大地提升战斗力。汽车人和霸天虎两方为此展开争夺，战争愈演愈烈，而变形金刚最大的威胁——宇宙大帝，也正向塞博特恩逼近。

微型传说的战斗已经过了10年。在地球上，汽车人发明了新的能源，被称为能量晶体的奇特能源。与此同时，潜伏于UNICRON残骸中的ALPHA Q率领的恐惧兽军团开始朝着世界各地的能量晶体开采处进攻。也就在此时，威震天转生为惊破天，并重新集结霸天虎成员。世界酿成了汽车人，霸天虎和Alpha Q军团争夺能量晶体的战场。