在充满未知的魔幻世界里，十二星座的超级能量分别落到了囧囧小学的十二个孩子身上。为了得到十二星座的超能力，来自囧囧星球的囧十二化身为各种角色，企图使用十二星座分辨法战胜这些孩子们。得到了十二星座的能量后，这些孩子与星座性格变得越来越相符，他们既单纯又令人哭笑不得的处事方法闹出了囧事一箩筐，但也用自己的智慧和团结破解了囧十…

《囧囧十二座 第一季》以某小学中12名性格迥异，分属差别星座的学生为主，讲述他们在遇到各种突发状况或是日常生活中的有趣小事，通过每个星座学生差别的性格特征，来展现他们的差别态度。