在尘沙飞舞的无法之都横滨，米丽杀死了恶权势首领杰克，成功地为丈夫和孩子报了仇。 有个叫春的美少女找到米丽，出重金请她为自己的恋人复仇。米丽冷意淡地说：“如果你真的喜欢他，就应该亲手去杀敌人。”然而，米丽最终还是放不下有着同样伤痛的春，开始教她格斗术。 新的敌人——一纪与其弟修马——出现在米丽和春面前。米丽击退了他们的手下…

接续前作《哥吉拉X机械哥吉拉》的故事，一年前与哥吉拉的决战，机龙受损程度37%，失去了右腕及终极武器——绝对零度炮。维修组员中条义人在八王子基地负责修复机龙的工作。某日中条在他叔叔信一的别墅家渡假时，婴儿岛的小美人精灵竟然出现在他们眼前。小美人给他们一个忠告：人类用哥吉拉骸骨制作出机龙是个严重的错误，如果出念头龙，摩斯拉就…