自从日本开发出只有女性才能操纵的飞行超兵器“IS”之后，世界发生了天翻地覆的变化，女性的地位被提升到优先准位。培育IS操纵者的学校“IS学院”每年接纳来自世界各地的优秀候补生少女。然而，主人公织斑一夏虽是个男生却不知因为何原因能够启动IS，因此他被强制送入了IS学院就读。织斑一夏从此成为女校中的万红丛中一点绿，从他两小无猜的剑道…