邪恶天才科学家地狱博士（石冢运升 配音）企图征服世界，人类因此而陷入灭亡危机，在驾驶魔神Z的兜甲儿（森久保祥太郎 配音）以及其他伙伴们的努力下，世界得以恢复和平。十年后，兜甲儿不再是超级机器人的驾驶员，而是成为了一名科学家。某日，他在富士山地底见到了被埋在山底的超巨大遗迹——INFINITY无限魔神，以及同时出现的神秘生命体“莉…

柾木神社的继承人柾木天地，是非常普通，随处可见的青年。天地期待的弟弟诞生了，他的名字叫做“柾木剑士”。虽然是命中注定要零丁前去异世界的少年，但他毫不畏惧命运，在周围的人们守护下健康地成长。然而这只是将天地、剑士和柾木家，还有住在地球上的正木一族及树雷，甚至与宇宙有关的人们全都牵扯仅来的壮大序章罢了。

太一等人因为狮子兽的死发生了摆荡，而光子郎则提议找出缅因猫兽被感染的真相。但作为缅因猫兽主人的芽心却想不到为何缅因猫兽会被感染。为了防止其他数码宝贝被感染，光子郎在办公室建立了隔离区，然而巴达兽却已经出现了被感染的征兆……此时，数码宝贝们告知了大家一个有关数码宝贝世界的重大秘密。面对秘密的真相以及再度出现的缅因猫兽，太…