两位特殊部队的队员坐在运输机内，盯着监控的屏幕。突然一声警报响起，系统检测到有怪兽出现。这时候特殊部队队员比留间弦人下达了新的指令，弦人敕令所有人按照预案去指定地址集合。一头来自宇宙的怪兽甲壳怪兽突如其来，庞大的冲击力给城市带来了很大的破坏。空中防卫部队与怪兽睁开了激烈交兵。怪兽的肆意破坏摧毁了良多大楼，怪兽出现的处所…

yle=color: rgb(51, 51, 51); f>遭受校园暴力的女高中生真子，在藏书楼发现了一本有关忍者的儿童书《雷风刃》，这本书成了她唯一的心灵安慰。她的面前出现了书中的忍者西洛和尤亚，带着真子穿越到了江户时代。在伊贺的世界里通过传说中的忍者才藏的指南，真子开始了忍者修行，而《雷风刃》中的反派原田堪助出现在了现实世界。