由于两位假面骑士的活跃，邪恶组织·杰鲁修卡被消灭，可是首领又创建了新组织·毒蝎帮(又译“迪斯特龙”)。本乡猛的学弟·风见志郎偶然目击毒蝎帮的行动，而受到该邪恶组织的追杀，以后父母以及妹妹都被毒蝎帮的怪人所杀。志郎为了向毒蝎帮军复仇而要求1号和2号替他改造，但二人知道改造人的悲哀，而拒绝了他。后来1号和2号落入了毒蝎帮的陷阱而…

村雨良跟姐姐在一次旅行时不幸被暗黑大使率领的组织·巴丹的所捉，姐姐被杀害，他则被改造成机器假面骑士·ZX。但由于改造时发生意外，良的意识被唤醒，并趁机逃脱。知道自己身体被改造后的良十分愤怒，并决心向巴丹报服。 在一次追查巴丹的过程当中良认识了其他的假面骑士，开始知道了像他那样的改造人不止一个，同时也在假面骑士们的口中得知…