在合众地区旅行的小智、艾莉丝、天桐一行人，来到了被称为“大地之剑”的塔为中心发展的城市：艾茵多奥克。这里是由曾经繁荣一时的大地之民所建立的国度，但现在已经落殁。 小智等人为了参加收获祭对战大会来到艾茵多奥克，他们在这里遇到了能给予人或精灵宝可梦难以想象力量的梦幻精灵宝可梦比克提尼。大地之民的后裔－德雷多企图利用比克提尼…

小智与皮卡丘、艾莉丝、天桐一行人正搭乘火城前往洛祥的旅途中，在行经山区时发现一只从未见过的神奇宝贝，但它却受了伤一动也不动。实在它正是被称为三位圣剑士的后继者，梦幻的神奇宝贝？凯路迪欧。就在此时，最强的龙系神奇宝贝酋雷姆突然来袭！面对能变换成焰白酋雷姆与暗黑酋雷姆两种型态，并拥有压倒性力量的酋雷姆，小智一行人危在旦夕逃…