在遥远的时间尽头，世界受到大规模污染以后，大地被新的主宰污染兽所占领，将人类逼至濒临灭绝的窘境。幸存的人类在远古炼金术师遗留下的自律型移动都市中生活。这些移动都市各自拥有自己独立意识及功能，有专属交通的都市也有专属教育类的学院都市。赌上各自的存亡，都市与都市之间被操控着进行战争。还有能够覆盖天地的巨大怪物“污染兽”群。…

故事以架空设定的农学院为舞台，讲述一个东京农业大学的学生小文在学园里的日常生活。可是他拥有可以看见常人看不见的“菌”的特异体质，这种能力在小文所从事的领域简直可以称为“宝具”，引起骚动也在情理当中。