妹妹公主RePure 是一些小情节故事的合集，每一话由两个部分构成，第一部分是一个自力的小故事，第二部分是以12个姐妹中的一个的为主题的短故事。

01我的畢業典禮酷酷的海神航是勝利補習班第一位的資優生，但因為一時糊塗導致高中落榜。當他還在懊惱不已時卻突然稀里糊涂被送進位在希望之島的星見丘西學園。來到島上的第一天，他在差别的地方遇見了四個差别的女孩，最令他驚觃的是她們居然自稱是……----------------------------------------------------------------…

然而在一场地震过后，八岐猛的校园生活就有了天翻地覆的彻底改变。学校顷刻间在地震中化为了废墟，随之出现的是一群恐怖的异形怪物，接着又从校舍中涌出了一群身着日本古代服装的奇怪人士——为了恢复现代社会的面貌，猛不能不开始了残酷的战斗……