在浩瀚無邊的宇宙某處，女巫和精靈正進行正邪不兩立的對峙戰鬥。在這稱做“仙界”的奇幻世界中，精靈、人類和女巫們都必須為生存而戰。形形色色的精靈和女巫，個個都能展現和本身個性相關的超能力。蕾兒和四個密友所組成的“仙靈組”，誓言要打擊邪靈，並奮力抵抗“黑雲塔學院”的邪惡女巫。

神奇仙子接受法拉刚达的聘书，以魔法老师的身分回到艾菲城学院。不久四位神秘的巫师闯进艾菲城学院发动攻击，以压倒性上风击败神奇仙子。当他们抓住蕾儿的时候发现蕾儿不是他们的目标，便丢下蕾儿离开。法拉刚达这才告诉神奇仙子那些巫师是暗黑界巫师，就是他们让地球仙子绝迹。神奇仙子后来到小精灵村，得知地球上还有最后一名仙子。如果让巫师…

某日，仙子莱拉从达卡魔王手中逃脱，昏迷在树林边被蕾儿的神奇仙子所救，以后进入神奇仙子并跟着就读艾菲城学院。而三妖后被安置在光圣修道院进行感化教育。达卡魔王入侵光圣修道院带走三妖后并收编，命她们为自己寻找秘笈，好解放自己的气力。随着四部秘笈集齐，达卡魔王成功设计虏获蕾儿并将她转变为黑暗蕾儿，欲藉神龙圣火之力启动秘笈气力，…

住在地球花园市的一个平凡女孩“蕾儿”，在因缘之下认识了一名仙子丝黛娜以后，进入魔法仙境的艾菲城学院就读，在那里结交了几位仙子朋友，并共同成立了“神奇仙子”。一开始来自黑云塔学院的三妖后原本首要找神奇仙子麻烦，红山泉学院的男角色也相继出现。蕾儿逐渐发现自己的身世，并得知自己是神龙圣火的守护天女。三妖后自从被逐出黑云塔学院…

魔法仙子现在回到了地球，并受到了人们的热烈欢迎与爱戴。在安卓斯海洋世界，那普顿王正要册封他的孩子泥利斯成为下一个掌管海洋皇帝，但仪式进行到一半的时候，被一向想要争夺王位的天那斯——泥利斯的哥哥搞砸了。天那斯企图阻止这场登基大典发生，利用三叉戟将泥利斯弄伤，但最后被击败，并没收了他的魔法，送进了牢狱。在牢狱里，天那斯遇上…

神奇仙子接受法拉刚达的聘书，以魔法老师的身分回到艾菲城学院。不久四位神秘的巫师闯进艾菲城学院发动攻击，以压倒性上风击败神奇仙子。神奇仙子来到小精灵村，得知地球上还有最后一名仙子，如果让巫师抓到最后一名仙子，他们就所向无敌。法拉刚达派神奇仙子前往地球，除了找出地球最后一名仙子，还要让地球人相信仙子的存在。在神奇仙子前往地…

在茫茫宇宙的某个世界“魔法仙境”里，善良和邪恶权势进行斗争，在这个奇幻世界中，存在仙灵（winx）、女巫（witch）、小精灵（pixie）、一般人类以及许多其它林林总总的种族或专业。身为故事主线角色的仙子们平时住在艾菲城学院内相处、学习，处理恋爱上的问题，还要在各种邪恶权势造成威胁的时候挺身奋战……