心中怀着新的理想离别了合众地方的伙伴天桐和艾莉丝，立志成为宝可梦大师的小智带着皮卡丘来到了卡洛斯地方，在卡洛斯地方与新认识的旅行伙伴莎莉娜、希特隆、柚莉嘉三人和新的宝可梦相遇的冒险故事。在寻找新的宝可梦以及新的邂逅的道路上，有更多的考验在等着他们。

小智和皮卡丘等人的冒险仍在继续，传说中的宝可梦隐藏的秘密阻挡在他们前的阿兰和神秘的组织的目的究竟是什么？最大的危机到来！

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